A principios del siglo XIX, los acontecimientos políticos hicieron que se suspendieran los estudios de Teología de la Universidad de Valencia. En 1851 fue reabierto el Seminario de la Inmaculada, cerrado años atrás por extinción de sus rentas, y a raíz del concordato del mismo año, pudo ya consolidar su anterior programa académico.

Desde 1861 la actividad del Seminario Conciliar estuvo regulada por las normas del Arzobispo Barrio, en virtud de las cuales eran admitidos al Seminario niños de diez a quince años.

En 1891 fue aprobado el colegio de Vocaciones eclesiásticas de San José en la calle Alboraya de Valencia, el cual fue considerado como el Seminario de los pobres. Al adquirirse la casa señorial contigua al seminario, fueron trasladados allí los estudiantes de Latín y Filosofía, convirtiéndose así en “seminario de menores”, en el cual había diversidad de alumnado: colegiales internos, colegiales externos, colegiales de San José… A pesar de esto, no podemos hablar del Seminario Menor como tal hasta muchos años después.

Será en 1931 cuando el Obispo auxiliar y rector D. Francisco Javier Lauzurica Torralba, aprovechando que se tuvo que cerrar el seminario unos meses porque fue destrozado en un asalto, creó el Seminario Menor en la diócesis, pasando los estudiantes de Humanidades al edificio del antiguo colegio de las vocaciones eclesiásticas de San José.

Puso al cargo de la formación espiritual de los seminaristas a sacerdotes diocesanos. Confió la dirección y administración a los Operarios diocesanos y encargó a las terciarias capuchinas la dirección de la cocina.

De esta manera, en 1932, el colegio de Vocaciones Eclesiásticas de San José fue, por decreto del Arzobispo D. Prudencio Melo, transformado en Seminario Menor de la diócesis, unificando así a todo el alumnado.

En 1936, al estallar la guerra, el Seminario Menor fue saqueado por los milicianos. Posteriormente sirvió de cuartel de una agrupación de la Guardia de Asalto.

Al finalizar la guerra en 1939, y a pesar de su estado, el edificio de la calle Alboraya volvió a tener su anterior destino, siendo regido igualmente por los sacerdotes Operarios.

Dado el ruinoso estado del edificio, en 1940 el arzobispo decidió que los alumnos de Latín, ingresaran en el edificio del Seminario Mayor, sito en la calle Trinitarios de Valencia, donde tendrían sus clases y residencia.