Estos colegios-seminarios contaban con una formación humana, intelectual y espiritual adecuada para preparar a la ordenación sacerdotal. Tanto el Colegio Mayor de la Presentación como el el Real Colegio Seminario del Corpus Christi, todavía siguen vigentes en nuestros días, según las Constituciones de sus santos fundadores.
En 1769, el Arzobispo D. Andrés Mayoral consiguió que el rey Carlos III autorizara la fundación del Seminario Conciliar, cuya sede se ubicaría en el edificio de la Casa Profesa de la Compañía de Jesús, deshabitada por aquel entonces. Esta fundación se llevó a cabo en 1790 por el Arzobispo D. Francisco Fabián y Fuero. El primer Rector fue D. Melchor Serrano, y la primera promoción del nuevo Seminario estuvo integrada por 20 seminaristas, que ingresaron el 4 de noviembre de 1790.
El día 8 de diciembre celebraron la primera Fiesta de la Inmaculada como Patrona del Seminario, fiesta que todavía seguimos celebrando. El 1 de Enero de 1791 se confirieron las primeras órdenes sagradas en la Iglesia del Seminario, ante la venerada Inmaculada, del artista Juan de Juanes.